Setelah terbitnya Keputusan Menteri Agama (KMA) Nomor 1080 Tahun 2024 tentang alih bentuk dari STAI Sunan Pandanaran menjadi Institut Studi Al Qur'an dan Ilmu Keislaman (ISQI) Sunan Pandanaran, berikut ini disampaikan alur pengajuan proposal penelitian, seminar proposal, munaqosyah dan perbaikan skripsi pasca munaqosyah: 

1. Alur Pengajuan Proposal Penelitian

2. Alur Pengajuan Seminar Proposal

3. Alur Pengajuan Munaqosyah

4. Alur Perbaikan Skripsi Pasca Munaqosyah